2045 yılında, Senkronize Küresel Varsayılan olarak bilinen ekonomik bir felaketin ardından, AI'daki hızlı gelişmeler dünyayı "Sürdürülebilir Savaş" durumuna sokmaya itti. Ancak, halk AI'nın insan ırkı üzerindeki tehdidinin farkında değil.Tam vücut cyborg Binbaşı Motoko Kusanagi ve onun ikinci komutanı Batou, şimdi harap olmuş Amerikan batı kıyısında seyahat eden paralı askerler kiralayan Kamu Güvenliği Bölüm 9'un eski üyeleri. Bu arazi, majör ve ekibi için fırsatlarla doludur, gelişmiş siber beyinlerini ve savaş becerilerini Bölüm 9'daki çalışmalarından kullanırlar. Ancak, aşırı zeka ve fiziksel güçlere sahip "post insanlar" ın ortaya çıkışı ile işler karmaşıklaşır. , 9. Bölüm üyeleri bu yeni tehditle yüzleşmek için tekrar bir araya geldi.